Di tengah rasa kemenangan setelah Belanda diusir dari Yogyakarta, masih ada persoalan pelik: Panglima Jenderal Soderman belum kembali ke ibu kota. Sri Sultan Hamengku Buwono IX Meskipun berbagai upaya persuasi dilakukan oleh Kolonel Gatot Soebroto dan beberapa perwira lainnya, ia tetap berada di markas gerilyanya. Sebenarnya Bung Karno gagal meyakinkannya.
Terakhir, Sri Sultan Hamengku Buwono IX menugaskan Jenderal Sudirman kepada Soeharto yang saat itu menjabat sebagai Menteri Koordinator. Meski Soeharto bukan perwira dekat Jenderal Sudirman, ia menerima tanggung jawab tersebut sepenuhnya. Penunggang Kuda Soeharto dan Dr. Irsan dan reporter Bung Rosihan Anwar berangkat ke Karangmojo tempat persembunyian Jenderal Sudirman.
Sesampainya di Karangmojo terjadilah pertemuan haru antara Soeharto dan Jenderal Sudirman. “Apa kabar, Harto?” Sapaan Jenderal Soedirman singkat namun menyentuh. Soeharto menanggapinya dengan menegaskan, “Militer berada di belakang Panglima.” Mereka kemudian berdiskusi panjang lebar tentang pentingnya kembalinya Jenderal Sudirman ke Yogyakarta.
Pada awalnya, Jenderal Sudirman ragu untuk mengembalikan anak buah dan pasukannya saat pertempuran berkecamuk di luar kota. “Saya harap saya bisa meninggalkan mereka ketika saya ke Yogyakarta,” ucapnya sambil berpikir. Namun, Soeharto meyakinkannya karena sejumlah alasan kuat: Yogyakarta telah kembali menjadi pusat pemerintahan Republik Indonesia, dan Jenderal Sudirman harus memimpin konsolidasi perjuangan dari pusat tersebut. Selain itu, kondisi kesehatan Jenderal Sudirman juga memburuk dan ia memerlukan perawatan yang lebih baik di kota.
Akhirnya Jenderal Sudirman setuju untuk kembali. Saya meminta maaf dengan membawa tubuh yang lemah. Dalam perjalanan ke Yogyakarta, Jenderal Sudirman menelepon Soeharto dan berkata dengan penuh semangat, “Saya percayakan kepada Anda keselamatan negara dan keamanan saya sendiri, Harto.” Dengan suara pelan namun penuh percaya diri, Soeharto menjawab, “Insya Allah Pak.”
Di Piyungan Jenderal Soedirman bertemu dengan Kepala Stafnya Pak Simatupang dan menyiapkan kendaraan serta seragam. Namun Jenderal Sudirman, meski bertubuh kurus, memilih tetap mengenakan pakaian aslinya dengan jas tebal Australia.
Setibanya di Yogyakarta, Jenderal Soedirman disambut massa di jalan. Ia bertemu Bung Karno di istana dan keduanya saling berpelukan hangat. Jenderal Soderman kemudian berbaris di alun-alun istana untuk meninjau jajaran TNI.
Bertemu Bung Karno dan disambut masyarakat Yogyakarta merupakan momen yang sangat menyenangkan. Jenderal Soedirman, yang awalnya skeptis, menyadari betapa amannya Yogyakarta kini berada di bawah kendali TNI. Hal ini memperkuat tekadnya untuk melanjutkan perjuangan hingga kedaulatan penuh tercapai.
Namun kesehatan Jenderal Sudirman terus menurun. Pada tanggal 29 Januari 1950, setelah mengakui kedaulatan NKRI, Jenderal Sodarman menghembuskan nafas terakhirnya di Majalan. Kesedihan yang besar memenuhi seluruh negeri. Pemakamannya diadakan di Taman Makam Pahlawan Semaki, tempat seluruh masyarakat Indonesia memberikan penghormatan terakhir. Acara ini diiringi dengan parade militer yang khidmat di Yogyakarta.
