Pada puncaknya, Kerajaan Majapahit mempunyai arsitektur istana yang megah. Apalagi tata letak ibu kota juga dinilai sangat megah dan artistik saat itu. Namun, semuanya disebut-sebut musnah tanpa bekas karena sebab alamiah dan beragam.
Ya, faktor alam memang tak mampu dilawan oleh Majapahit. Kompleks istana ibu kota yang dikelilingi benteng setinggi 10 meter, seolah menghilang tanpa jejak. Belum lagi di luar benteng tempat tinggal masyarakat.
Bahkan, dari Mahapati Gajamada hingga Batala Mathhun, terdapat kawasan perumahan para pejabat Majapahit.
“Di luar, mulai dari timur, terdapat beberapa kompleks tempat tinggal Dharmadhyaksha Kasaiva Hyang Brahmaraja dan pendeta Siwa,” kata profesor sejarawan itu. Slamet Murjana, dalam bukunya “Sejarah Parsada Rekonstruksi Nenek Moyang Majapahit”.
Wilayah selatan dihuni oleh Dharmadhyaksha Kasogathan dan para biksu. Bagian barat dihuni oleh bangsa Arya, menteri, kerabat bahkan terkadang raja. Sedangkan di jalan lain ke arah timur terdapat wisma Sri Vijayarajasa dan ratunya.
Di sebelah selatan wisma Batala Venkar adalah wisma Batala Matahun Sri Rajasa Vardhana dan istrinya Bray Lasem. Kedua wisma ini terletak di sisi selatan dekat Istana Prabhu.
Di sebelah utara terdapat pasar dan di belakang pasar terdapat penginapan Batala Nalapati. Sedangkan di sebelah timur laut keraton terdapat rumah Pati Amankubhumi Gaja Mada.
Di sebelah selatan keraton terdapat bangunan Kehexan yang diapit oleh kediaman raja muda dan pendeta. Di sebelah timur Kediksan terdapat tempat tinggal para pendeta Siwa dan di sebelah barat adalah tempat tinggal para biksu Buddha.
Sayangnya, bangunan ibu kota dan istana Majapahit yang sangat besar sudah lama hancur. Tidak ada indikasi bahwa kepunahan tersebut disebabkan oleh bencana alam seperti banjir atau letusan gunung berapi.
Gunung Keldo yang sering meletus terletak jauh di selatan Majapahit, dan Sungai Brantus, yang mengalir ke utara dari Kedri hingga Majakarta, terletak di sebelah barat ibu kota Majapahit.
Ibu kotanya, Majapahit, berjarak kurang lebih 15 kilometer sebelah selatan Majakerta dan terletak di distrik Traulan dan Tralaya. Traulan dan Tralaya memiliki beberapa makam Muslim yang berasal dari abad ke-14 hingga ke-16.
Nisan umat Islam bertuliskan tanggal Saka dalam aksara Jawa, dengan tulisan Arab di sisinya, sebagian besar berupa kutipan Alquran. 1372 (1450 M) Sebuah batu nisan muslim milik Saka ditemukan di desa Kedatan.
Ada batu nisan sampai hari ini, dan di Traulan, Masehi. Terdapat dua batu nisan Muslim bertanggal 1308 dan 1448, sisa batu nisan Muslim di situs asli di Tralai bertanggal 1376 dan 1380, 1407, 1418, 1487, 1487, 4. dan 1460. , 1475 dan 1611.
Jika kehancuran ibu kota Majapahit disebabkan oleh bencana alam, maka makam-makam tersebut akan tersapu lahar, bawah tanah, atau banjir.
Gundukan di atas Candi Segaran dan Tikas menegaskan bahwa dulunya merupakan tempat pemandian, menandakan bahwa kedua situs tersebut sengaja ditimbun dengan tanah.
Sebaliknya, Candi Bajan Ratu yang kemungkinan merupakan gerbang istana bagian selatan, dan Candi Lingin Lawang yang kemungkinan merupakan pintu masuk Kota Majapahit dari utara, tidak diisi tanah karena tingginya.
